神戸市は、PCR検査の精度管理やクラスター事例の事後検証などのため、市内医療機関の協力を得て、全陽性検体の約5～6割を神戸市健康科学研究所で収集、保管してゲノム解析を実施しており、2021年11月29日から2022年1月7日までのオミクロン株等の確認状況を発表した。
なお、同市は検体収集体制・ゲノム解析体制を活用することで、独自に変異株を迅速かつ的確に検出できる監視体制を整えているとのことだ。
神戸市健康科学研究所における変異株監視体制
2021年12月の厚生労働省通知により、オミクロン株の発生や変異株の発生動向を監視するため、（1）自治体主体の全ゲノム解析を、現時点における検査能力を最大限発揮してゲノム解析を実施すること、（2）オミクロン株の可能性のある検体を検出するため、自治体において迅速に変異株PCR検査を再開することが要請されたという。
神戸市は、2021年11月より国に先駆けオミクロン株に対するゲノムサーベイランス体制を強化していたとのことだ。
〇神戸市内の変異株確認状況
変異株PCR検査の状況は以下の通り。なお、届出日から陽性検体回収にタイムラグがあるため、発表後も数値が変更されることがあるとしている。特に、直近1週間の届出日分について、次回発表時に数値が変動する可能性があるとのことだ。
また、ゲノム解析の状況は以下の通りとしている。
