マツモトキヨシは、この度の4都府県（東京都、大阪府、京都府、兵庫県）に対して発令された緊急事態宣言を受け、新型コロナウイルス感染症拡大を防止し、感染の流行を終息させるため、下記のような対応を行っていると発表した。
●営業に関する基本的な考え方
ライフラインであるドラッグストアの使命として、基本的には営業を継続するが、感染症拡大を防止する観点、従業員の健康管理／安全の確保と子どもを持つスタッフへの配慮等を考慮し、店舗の営業時間に関しては各店の状況に応じ柔軟に対処するという。
なお、下記の店舗においては、臨時休業となっている。
＜4月26日～5月11日＞
メトロ・エム後楽園店（東京都）
ららぽーと甲子園店（兵庫県）
OUTLET三井アウトレット大阪鶴見店（大阪府）
＜4月26日～当面の間＞
ダイバーシティ東京プラザ店（東京都）
＜～4月30日＞
APAHOTEL東京ベイ幕張店（千葉県）
成田東武ホテルエアポート店（千葉県）
＜～2021年5月31日までの間の臨時休業＞
銀座八丁目店（東京都）
BeautyU銀座中央通り店（東京都）
成田ウイング土屋店（千葉県）
富士山静岡空港店（静岡県）
黒門市場末広通り店（大阪府）
黒門市場店（大阪府）
西心斎橋店（大阪府）
道頓堀千日前店（大阪府）
ドラッグストア福岡空港国際線ターミナル店（福岡県）
＜～再開時期未定＞
中部国際空港第2ターミナル店（愛知県）
なお、今後の状況に関しては、各施設からの案内を確認するよう呼びかけ。
同社は、今後も新型コロナウイルス感染症拡大を防止し、感染流行を早期に終息させるための各種の対策に取り組んでいくとしている。