日本サッカー協会（JFA）は、天皇杯 JFA 第100回全日本サッカー選手権大会に出場する都道府県代表47チームが決定したことを受け、その47チームを発表した。
アマチュアシードとして出場するHonda FCを加え、9月16日にいよいよサッカー日本一を決めるトーナメントが開幕するという。
出場チームは以下。（）内は出場回数。
- 北海道 札幌大学（24）
- 青 森 ラインメール青森（3）
- 岩 手 富士大学（2）
- 宮 城 ソニー仙台FC（21）
- 秋 田 猿田興業（初）
- 山 形 大山サッカークラブ（初）
- 福 島 いわきFC（4）
- 茨 城 筑波大学（31）
- 栃 木 栃木シティFC（11）
- 群 馬 tonan前橋（5）
- 埼 玉 東京国際大学（7）
- 千 葉 VONDS市原FC（3）
- 東 京 東京武蔵野シティFC（5）
- 神奈川 桐蔭横浜大学（4）
- 山 梨 山梨学院大学ペガサス（3）
- 長 野 アルティスタ浅間（初）
- 新 潟 新潟医療福祉大学（5）
- 富 山 富山新庄クラブ（7）
- 石 川 金沢星稜大学（2）
- 福 井 福井ユナイテッドFC（12）
- 静 岡 常葉大学（4）
- 愛 知 FCマルヤス岡崎（4）
- 三 重 鈴鹿ポイントゲッターズ（6）
- 岐 阜 長良クラブ（初）
- 滋 賀 MIOびわこ滋賀（8）
- 京 都 おこしやす京都AC（4）
- 大 阪 FC TIAMO枚方（初）
- 兵 庫 Cento Cuore HARIMA（9）
- 奈 良 奈良クラブ（12）
- 和歌山 アルテリーヴォ和歌山（12）
- 鳥 取 Yonago Genki SC（初）
- 島 根 松江シティFC（7）
- 岡 山 三菱水島FC（13）
- 広 島 福山シティFC（初）
- 山 口 FCバレイン下関（初）
- 香 川 高松大学（初）
- 徳 島 FC徳島（5）
- 愛 媛 松山大学（3）
- 高 知 高知ユナイテッドSC（5）
- 福 岡 福岡大学（33）
- 佐 賀 EVインテルナシオナル（2）
- 長 崎 MD長崎（4）
- 熊 本 熊本県教員蹴友団（4）
- 大 分 ヴェルスパ大分（10）
- 宮 崎 テゲバジャーロ宮崎（2）
- 鹿児島 鹿屋体育大学（12）
- 沖 縄 沖縄SV（2）
上記に加え、アマチュアシード 1チームに、今大会で出場40回目のHonda FCが出場。
前述のとおり、9月16日に開幕となり、新型コロナウイルス感染症のリスクを軽減するためｍ3回戦までは、地域単位での実施となり、5回戦までは、都道府県代表とアマチュアシードで争われるという。
J2およびJ3のチームは優勝チームのみが準々決勝から参戦し、J1は上位2チームのみの参戦。なお、J1の2チームは、準決勝から登場するとのことだ。
決勝戦は2021年1月1日に国立競技場にて行われる。