スターフライヤーは、搭乗の際に必ずマスクを着用するよう呼び掛け。なお、発熱などで体調がすぐれない乗客やマスクの着用に協力しない乗客に対しては、搭乗を断る場合もあるとしている。

また、安全・安心に利用できるよう、様々な取り組みを通して新型コロナウイルス感染症の予防措置を講じていくという。

座席については、機内のシートピッチを最大35インチ（約89センチ）として国内線エコノミークラスとしては、最大の前後間隔を提供しているとのことだ。事前座席指定サービスとして、航空券を予約済、購入済の乗客は事前に他の乗客の座席状況を確認して座席を指定できるとしている。

事前に座席指定を済ませた人は「スキップサービス」として、従来のカウンター、自動チェックイン機での搭乗手続きが不要になるとのことだ。